Mikroorganizmaların salgıladıkları bir takım zehirli maddeler. Toksinler iki grupta toplanırlar: 1) Ekzotoksinler, 2) Endotoksinler.
Ekzotoksinler: Daha çok gram (+) mikroorganizmalar tarafından meydana getirilirler. Başlıca Closturdium tetani (tetanoz etkeni), Closturdium Botulinum (Botulismus zehirlenmesi etkeni), Closturdium Perfircingens, Gram (-)lerin bir kısmı, Shigella dysenteria (dizanteri amili), Vibrio cholera (kolera amili) ekzotoksin yapar. Ekzotoksinler mikroorganizma tarafından dışarı salınırlar.

Toksinler suda erirler. Bu yüzden bulundukları ortamda hızla yayılırlar. Bakteriler dışında birtakım hayvanlar da ekzotoksin yapar. Toksinler oldukça şiddetli zehirlerdir. Sıvı halde ve beklemekle aktivitelerini kısmen kaybederler. Cl Botulinum toksini yeryüzünde bilinen en kuvvetli toksindir.

Toksinler genellikle polipeptid yapısında maddelerdir. Molekül ağırlıkları 10-90.000 bin arasında değişmektedir. Isıya ve proteinleri eritici enzimlere karşı dayanıksızdırlar. Antijenik yapıya sâhiptirler. Girdikleri organizmada özel bir takım antikorlar meydana getirirler. Difteri, botulinum ve tetanoz toksini sinir sistemini tutarak bir takım felçlere sebep olurlar.

Ekzotoksinler, genellikle sıcağa dayanıksız olup 60-80°C sıcaklıkta tahrip olurlar. Ancak bâzı stafilokokların meydana getirdiği enterotoksinler ekzotoksin yapısında olduğu halde 100°C’de 20 dakika dayanıklılık gösterirler. Kolera vibrionları barsaklarda bir enterotoksin meydana getirmektedirler ve kolerada aşırı tuz ve su kaybı meydana gelmesine bu enterotoksin sebep olmaktadır. Streptokoklardan bâzıları da ekzotoksin yapısında bir takım maddeler çıkarırlar ki bunlar eritem dediğimiz bir takım döküntülere sebep olurlar. Buna eritrojenik toksin denir. Kızıl hastalığı, bu toksinlerden meydana gelir.

Ekzotoksinlerin iki grubu bulunmaktadır:
1) Toksofor: Toksin niteliğindeki gruptur. 2) Haptofor: Antijen niteliğindeki gruptur. Ekzotoksinin bu iki grubundan birisi yok edildiğinde ötekisi etkinlik kazanır. Misâl, formaldehit veya ısıyla toksik grup ortadan kalkar. Sâdece haptofor grubu sâbit kalır. Böyle bir toksine anatoksin denir.

Anatoksini ilk olarak Ramon isimli araştırıcı 1913’te bulmuştur. Buna Ramon anatoksini de denir. Ramon difteri toksinine % 004’lük formaldehit ilâve etmekle toksofor grubunu etkisiz hâle getirmiş, haptofor grubunun antijenik kaldığını görmüş ve buna difteri ve tetanoz anatoksinlerinden gerek aşı yapmada ve gerekse tedâvi edici bir takım antiserumlar elde etmek için hayvanları immunize etmekte faydalanılmaktadır.

Endotoksinler: Bakterilerin hücre çeperlerinde bulunan dışarıya salgılanmayan, ancak hücrenin parçalanması sonucu meydana çıkan lipopolisakkarit yapısında (yâni bakterinin yapı maddelerinden olan) bir takım toksik maddelerdir. Daha çok gram (-) bakteriler tarafından meydana getirilirler. Bunlar da ısıya ve birtakım protein eritici enzimlere karşı dayanıklıdırlar. Bâzıları 100°C sıcaklığa dayanabilir ve Formol’la (harap olmaz) suda erirler. Genellikle şeker-yağ-polipeptit yapısında olan bir O antijeni olarak kabul edilir. Bu yüzden de O antikorlarıyla tahrip olurlar. Molekül ağırlıkları 100-900.000 arasında değişmektedir. Ekzotoksinlere oranla daha az toksinlidirler.

Endotoksinler bir organizmaya girdikten sonra 1-1,5 saat içinde ateş yükselmesine sebep olurlar. Bunu, beyindeki ısı düzenleyici merkezi etkileyerek yaparlar. Organizmada ateşten başka solunum güçlüğü, ishâl ve bacaklarda felce sebep olmaktadırlar. Kanda önce akyuvarların azalmasına, sonra çoğalmasına sebep olurlar. Kanın pıhtılaşmasını değiştirirler.

Endotoksimik şok: Kan basıncı düşer, aşırı terleme olur. Bu şokun başlangıcında önce küçük çaplı atardamarlar ve toplardamarlarda bir büzüşme olurken vücûdun uç kısımlarındaki damarlarda da genişleme olur ve damar geçirgenliği artar. Damar içi maddeler, damar dışına çıkar. Kalbin atım hacmi azalır. Buna bağlı olarak kan basıncı düşer ve şok tablosu meydana gelir. Bunun sonucunda birtakım hayâtî organlar (böbrek, kalp, beyin) kansız kalır ve ölüm meydana gelir. Endotoksinlerin yol açtığı bu şok çeşidi, birtakım cinâî düşüklerden sonra, bâzı cerrâhi müdâhalelerden sonra ve bâzı enfeksiyon hastalıklarının seyri esnâsında görülebilmektedir.